坂本龍馬、藩命による本国召還を無視し再び脱藩
帰国命令
文久3年（1863年）10月、坂本龍馬は神戸海軍塾寄宿舎の塾頭に任命され、海軍修行に励む日々を送っていた。ところが10月中旬突然、土佐藩庁から龍馬ら海軍修行生に対し、本国召還の命令が下された。
これは8月18日におこった政変により京都から尊攘派が一掃され、公武合体派が政局を握ることになった結果、土佐藩の藩論も一変し、前藩主山内容堂による土佐勤王党への弾圧が本格的に始まったからであった。
八月十八日の政変
文久3年（1863年）8月18日早朝、京都御所は京都守護職松平容保の会津藩、京都所司代稲葉正邦の淀藩、および薩摩藩の兵で固められた。そして公武合体派の公卿、在京諸藩主を集めた御前会議が開かれ、大和行幸の中止・尊攘派公卿の参内禁止・長州藩の御所守衛罷免と京都追放が決定された。
この事件は、大和行幸を名目に討幕を画策する尊攘派勢力に対抗するため薩摩・会津両藩が中川宮朝彦親王らと連携し、孝明天皇の承認のもとに決行した政変である。
当時、急進的な破約攘夷を主張する尊攘派勢力は天誅をもって政局を支配しており、遂に8月13日には孝明天皇の大和行幸の詔が出された。これは攘夷親征のために天皇が自ら出陣することであり、朝廷と幕府を対立をあおり戦わせることを目論むものであった。
こうした事態の中で薩摩・会津藩は手を結び、公武合体派公卿と連帯して八月十八日の政変をおこし、尊攘派勢力は京都から一掃された。三条実美ら七人の尊攘派公卿、真木和泉ら草莽志士は長州藩士と共に長州へと落ち延びていった。
天誅組の変
八月十八日の政変により真っ先に窮地に立たされたのが天誅組だった。
天誅組は土佐の吉村寅太郎、備前の藤本鉄石、三河の松本奎堂が公卿中山忠光を主将に擁して結成した尊攘浪士隊であり、大和行幸・攘夷親征の先鋒になるべく、前日の17日に五条代官所を襲撃した。
天誅組は代官鈴木源内を梟首し、五条を天朝直轄地として年貢を半減することを宣言した。ところが、京都の政変で大和行幸は中止となり、挙兵の大義名分を失った天誅組は孤立し、一転賊軍として幕府から追討されることになった。
天下の尊攘志士たちに討幕の号令をあげるため、十津川郷士の協力を得て高取城の攻略を試みるが、天誅組は潰走して五条へ退却した。
その後、幕府軍約1万3千の追討を受けながら吉野各地を転戦し血路を開こうとしが、9月24日、東吉野村鷲家口で包囲された。激戦の末に脱出できたのは中山忠光ら数名で、吉村、藤本、松本らが討死し、天誅組は壊滅した。
土佐勤王党弾圧
土佐藩の全権をにぎる前藩主山内容堂は、表向きは尊皇攘夷論に理解を示していたが内心では公武合体・雄藩連合を考え、武市半平太率いる土佐勤王党の活動を苦々しく思っていた。
文久3年（1863年）1月、江戸から上京した容堂は藩士たちの活動をいましめ、他藩士との自由な交際を禁じる訓示をおこない、平井収二郎の他藩応接役を解任し帰国させた。さらに公用以外に修行の名目で他藩へ出ることを禁止し、勤王党の活動を封じ込めた。
また同年6月8日には、前年12月に青蓮院宮に令旨を出させて帰国し、それをタテに隠居山内豊資に勤王の藩政改革を迫った間崎哲馬、平井収二郎、広瀬健太の3人に対し、藩の秩序を乱す不届き者であるとして切腹を命じた。
容堂が3人を処刑したものの武市ら土佐勤王党一派を処断しなかったのは、その活動を容認したからではなく、尊王攘夷論を唱える長州藩が京都の政局を握っていたからであった。
そのため京都で長州藩勢力が駆逐されたという報が土佐に伝わると、容堂は土佐の尊攘勢力を根絶すべく、9月21日、首領の武市半平太をはじめ島村衛吉、河野万寿弥ら勤王党の幹部を一斉に捕縛投獄した。身の危険を感じた勤王党員たちは相次いで脱藩し、多くは長州藩に身をよせた。
容堂は故吉田東洋派の後藤象二郎、福岡藤次らを要職に復帰させ、吉田東洋暗殺事件を明らかにするため勤王党員への厳しい尋問が始まった。勤王党員は拷問を受け、獄死する者もあったが、口を割る者はなく武市も東洋暗殺を否認し続けた。
武市はおよそ2年に渡り獄舎に囚われたのち、慶応元年（1865年）閏5月11日、主君に対する不敬罪で切腹を命じられた。武市は三文字に割腹して果て、ここに土佐勤王党は壊滅した。
2度目の脱藩
勤王党弾圧を決定した土佐藩庁の追及の手は、龍馬ら海軍修行生のもとにまで及び、そのことが『勝海舟日誌』の10月12日の条に次のようにある。
『勝海舟日誌』門生千屋、望月来る。聞く、土州にても武市半平太の輩逼塞（ひっそく）せられ、其党憤慨大いに動揺す、且寄合私語する者は必ず捕へられ打殺さる。故に過激暴論の徒長州へ脱走する者三十人計り、また此地に潜居する徒を厳に捕へ、或は帰国を申渡すと云ふ。
こうした事態の中、龍馬たちの身を案じた勝海舟は、12月6日に塾生は「別段憤発勉励している」として土佐藩庁に修業の延期を求めたが、藩庁はこれを拒絶した。
帰国すれば投獄されることは確実であり、龍馬は藩命を無視し再び脱藩の身となった。同じように高松太郎、近藤長次郎、沢村惣之丞、千屋寅之助、新宮馬之助、望月亀弥太も脱藩した。
四時軒訪問
元治元年（1864年）2月9日、幕命を受けた勝海舟は英米仏蘭の四国艦隊による長州藩への報復攻撃を調停するため長崎に出張した。23日、海舟は長崎に到着し、オランダ・アメリカ・イギリスの領事、司令官と交渉した。
だが、彼らは攘夷の粉砕を重要視していたため馬関砲撃の強硬な姿勢を崩すことなく、結局交渉は不調に終わった。なお、随行していた龍馬は海舟の使者として、2月下旬に熊本沼山津の横井小楠を訪問した。
当時小楠は士道忘却事件により越前藩から熊本藩へと身柄が引き渡され、士籍剥奪の処分を受けて閉居中の身であった。龍馬は海舟からの見舞いの金品をおくり、神戸海軍操練所の近況を伝えた。この後、小楠は海軍強化論をまとめた『海軍問答書』を書きあげ、長崎の海舟のもとへ送っている。
また、4月6日に龍馬は再び小楠のもとを訪れ、この時の会談で「坂本君、君は乱臣賊子とならぬよう気をつけるがいい」と忠告を受けたという逸話がある。熊本を去る時、龍馬は小楠の依頼で横井左平太・大平を神戸海軍操練所に連れ帰った。
